A raíz da ACDH está ligada a história do ensino do direito em Moçambique. O curso de Direito da UEM é o primeiro da República de Moçambique, foi instituído em 4 de Julho de 1974, através do Decreto-Lei nº. 299/74 (Diário Oficial, nº 82, de 16 de Julho de 1974). Em cumprimento dos objectivos estabelecidos pelo Decreto – Lei n.^o  299/74 e no período anterior à independência, a Faculdade de Direito da Universidade de Lourenço Marques é criada através do Decreto – Lei n.^o  7/75, de 18 de Janeiro.

A criação da Faculdade de Direito tinha tomado em consideração as particularidades da estrutura política, económica e social de Moçambique e, por esta razão, a Filosofia da Faculdade deveria ter em conta as realidades e necessidades da País, participando nas transformações em curso naquele momento e no esforço de reconstrução nacional ao serviço do povo de Moçambique. Por estas razões, um currículo de apenas 4 anos de treinamento foi adoptado, visando, sem prejuízo do nível de formação de advogados, preparar rapidamente certos quadros com um mínimo de treinamento legal para atender às necessidades mais imediatas e prementes da área. Isso porque, até essa altura, os juristas já existentes, em número muito reduzido, eram todos portugueses e, antecipando a Independência que se aproximava, deixaram o país.

Começou a formação de um jurista, cujo perfil, após formação, deve ser caracterizado por um grande domínio do campo técnico-jurídico e por um rigoroso pressuposto dos princípios ideológicos que dominaram a realidade moçambicana na altura, tendo em conta a natureza do poder.

No dia 21 de Março de 1983, durante a sessão de encerramento da 11ª Sessão da Assembleia Popular, o então Presidente da República, Samora Machel, ordenou o encerramento da Faculdade de Direito, supostamente pelas dúvidas decorrentes do nível político e profissional de um grande número de quadros que saiam da Faculdade.

Em 17 de Agosto de 1987, como corolário da pressão exercida pelos estudantes que interromperam o curso em 1983 e por outros sectores da sociedade, a Faculdade de Direito da UEM foi reaberta, por decisão do Conselho de Ministros, reunido na sua 13^a Sessão.

Embora a Faculdade de Direito permanecesse fechada por quatro anos, isso provocou um revés na cultura dos direitos humanos, aliada ao regime político da época, como:

• falta de cultura de educação em direitos humanos;
• falta de uma cultura de reivindicação agravada pelo regime político da época;
• falta de ensino em direitos humanos; e
• défice de direitos humanos em Moçambique que leva a violações sistemáticas e graves de tais direitos elementares.

Com a adpoção da Constituição de 1990, como corolário das negociações do Acordo Geral de Paz, assiste-se a introdução e materialização de direitos humanos na ordem jurídica moçambicana. A partir deste período o Governo de Moçambique compromete-se a nível internacional com promoção e proteção dos Direitos Humanos, assinado e ratificando Convenções Internacionais sobre a matéria. Entretanto, a nível interno assistia-se a uma falta de incorporação de grande parte das convenções internacionais de defesa dos direitos humanos no ordenamento jurídico doméstico, bem como, a uma falta de aplicação dessa legislação nos tribunais, instituições públicas e privadas.

Com a criação do Centro de Direitos Humanos na Faculdade de Direito da UEM em 2015, com o apoio da União Europeia através de um projecto de parceria com a Liga do Direitos Humanos, Ministério de Interior e as organizações Instituto Sindicale per la Cooperazione allo Sviluppo-ISCOS e Grupo Voluntário Civil- GVC, iniciaram as primeiras intervenções para a mudança do status quo que consistiu num trabalho de formação com a Polícia da República de Moçambique, formação de para-legais, juízes comunitários e de todos os actores que interviam na administração da justiça.

Com o término deste projecto de parceria o Centro de Direitos Humanos passou por uma crise de financiamento que afectou drasticamente a sua capacidade de intervenção. Foi nestes termos que a Faculdade de Direito disponibilizou uma sala e algum equipamento para o funcionamento o seu funcionamento.

Os docentes e activistas, inspirados pelo sucesso das actividades implementadas pelo Centro, sentiram necessidade de continuar esse trabalho de forma mais activa e com maior ligação com as organizações da sociedade civil de forma a envolver nao so mais docentes, de outras áreas de conhecimento mas para envolver outras competências que o Centro nao podia acomodar. Foi nesta perspectiva que foi criada a Associacao Centro de Direitos Humanos.

 Desde 2010, a CDH estabeleceu, através de seus pilares, uma série de parcerias bem sucedidas, como por exemplo, Center for Human Rights (Africa do Sul), o Mecanismo de Apoio a Sociedade Civil (MASC), com a Danish International Development Agency (DANIDA), com o Open Society Initiative for Southern Africa (OSISA), Oxford Committee for Famine Relfief (OXFAM), com o Westminster Foundation for Democracy, Danish Institute for Human Rights, Raoul Wallenberg Institute for Human Rights, entre outros, que participaram na capacitação institucional e intelectual da CDH.

Os resultados dessas parcerias contribuíram para alteração do status quo da CDH com impacto nacional, dentre os quais se destacam:

• Introdução do curso de Direitos Fundamentais no currículo da Faculdade de Direito;
• Ensino de direitos humanos como um curso independente;
• Criação do Centro de Práticas Jurídicas, com forte componente de assistência às pessoas economicamente desfavorecidas, com base no princípio do acesso à justiça;
• Ensino do módulo de direitos humanos no Centro de Formação Jurídica e Judiciária;
• Introdução de um curso de mestrado em Direitos Humanos na Faculdade de Direito da UEM com especialização em Direitos Humanos.

Hoje, o Centro de Direitos Humanos está enfrentando pressão para melhorar seus serviços devido ao crescente interesse no campo dos direitos humanos por membros de parlamentos nacionais e locais, juízes de tribunais, promotores públicos, estudantes e profissionais do sistema judiciário. No entanto, existe uma capacidade de resposta limitada do Centro de Direitos Humanos.